Alla metà del ’700, il re Carlo di Borbone fece nascere una struttura ospedaliera nel Regno di Napoli, intesa non solo come luogo di accoglienza caritatevole, ma di cura delle malattie. A capo dell’Organizzazione Sanitaria era il Medico Protonotario, incarico - negli anni ’50 del 1700 - rivestito dal dottor Francesco Buonocore, medico personale del re, che aveva “il compito e l’autorità di visitare tutte le Speziarie di Medicine di questa Città, suoi Borghi e Distretti per il bene pubblico, con destinare ancora i sostituti alle visite delle altre Speziarie del nostro Regno”. Buonocore era paragonabile al Ministro della Sanità per le funzioni, conferitegli direttamente dal re, ed aveva competenza nella gestione di tutti gli ospedali del Regno, al di qua del Faro, e delle Farmacie. La Eccellentissima Deputazione di Salute aveva compiti di prevenzione sulle malattie infettive che prevedevano la possibilità di isolamento a Nisida. Dopo la quarantena, a chi risultava sano, veniva rilasciato il passaporto di salute, che permetteva la libera circolazione nella città di Napoli e in tutto il Regno. Un compito analogo a quello della Deputazione di Salute era svolto, per il personale di Marina, dall’Ospedale delle Galere, che aveva un suo Medico Protonotario. L’ospedale svolgeva anche attività chirurgica e disponeva di 100 posti letto, di cui il 20% destinato ai marinai e l’80% ai galeotti feriti durante le scorrerie piratesche. Nel 1743, Carlo di Borbone fece attrezzare ad ospedale un palazzo al Borgo di Chiaia, acquistato dal Marchese di Pende, e ne ricavò circa 80 posti letto.

-Ospedale della Cesarea. Riceveva gli ammalati acuti e conteneva circa 60 posti letto. Fu l’unico ospedale fornito di pronto soccorso.

Ospedale dei Santi Giuseppe e Lucia. Fu destinato ai ciechi “che vengono istruiti nel leggere e nello scrivere, nella geografia a rilievo e nella musica vocale e strumentale”.

-Ospedale di Santa Maria di Loreto. Era l’orfanotrofio-Conservatorio del borgo Loreto, dove insegnavano Jommelli e Cimarosa. Dopo la costruzione dell’Albergo dei Poveri, divenne anche ospedale ed arrivò a disporre di 437 posti letto. Eccelleva per la sala ortopedica, unica in tutto il Regno di Napoli e di Sicilia.

- Ospedale di Santa Maria della Fede. Qui venivano accolte le “donne di mondo”. Annessa alla struttura vi era una sala per le urgenze.

- Ospedale dei Pellegrini e dei Convalescenti. Nato dall’Arciconfraternita che assisteva i pellegrini in arrivo a Napoli, per iniziativa del nobile Giulio Cesare Mariconda, si trasformò ben presto in ospedale, costituendo una sorta di grande astanteria medica e chirurgica per chi aveva bisogno di isolamento preventivo da malattie infettive.

- Real Casa dell’Annunziata. Il suo scopo era la cura di febbricitanti e feriti, ed il sostentamento, educazione ed istruzione nelle arti di creature abbandonate o esposte alla famosa ruota. Nel ’700,  Carlo di Borbone chiamò il Vanvitelli per ampliarne la chiesa, la cupola e la famosa sagrestia.

- Ospedale San Gennaro de’ Poveri. Sorse come ospizio nel V secolo. Nel 1468, il Cardinale Oliviero Carafa lo trasformò in ospedale per gli appestati. Con Carlo di Borbone fu riconvertito nuovamente in ospizio, ovvero in depots de mendicité per vecchi e bambini in precarie condizioni di salute. Successivamente divenne polo d’interesse per le malattie psichiatriche.

- de’ Poveri Real Casa Santa degli Incurabili. Fu fondato nel 1519 grazie alla nobildonna di origine catalana Maria Lorenza Longo, dichiarata Venerabile dalla Chiesa. Fu l’ospedale più grande di Napoli con 1.200 posti letto. Nel ’700 fu dotato della Farmacia Storica che custodiva 400 vasi maiolicati contenenti specialità medicinali, estratti di piante mediche e preparati galenici,confezionati dai “Potecari”, farmacisti il cui ruolo era di fondamentale importanza.